Die Naturverjüngung hat für den Waldbesitzer einige Vorteile gegenüber der Pflanzung. Zum einen fallen keine Kulturkosten für die Setzung der Jungpflanzen an. Zum anderen haben die natürlichen Jungpflanzen in der Regel eine bessere Wurzelentwicklung, da sie sich an die örtlichen Gegebenheiten angepasst haben. Dadurch sind sie besser gegen Trockenheit und Windbruch geschützt und können sich besser an den Standort anpassen.

Außerdem ist der Wildverbiss bei Naturverjüngung geringer, da die Jungpflanzen in der Regel durch ihre natürliche Verbreitung über einen größeren Bereich verteilt sind und somit weniger attraktiv für Wildtiere werden.

Allerdings ist die Verteilung der Jungpflanzen bei der Naturverjüngung nicht gleichmäßig und es kann vorkommen, dass bestimmte Bereiche weniger oder gar nicht wiederbewaldet werden. In solchen Fällen kann eine gezielte Nachpflanzung notwendig sein.